SBE, Yüksek Lisans, Tıbbi Biyoloji Koleksiyonu
http://hdl.handle.net/123456789/851
Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı'nda yapılan yüksek lisans tezleri bu koleksiyon altında listelenir.2024-03-28T19:57:35ZSiklofosfamid ile indüklenerek DNA hasarı oluşturulmuş civciv embriyolarında ganoderma lucidum (curtis) p.karst (ölümsüzlük mantarı)'ın XPF gen ifadesinin üzerine etkisi
http://hdl.handle.net/123456789/10203
Siklofosfamid ile indüklenerek DNA hasarı oluşturulmuş civciv embriyolarında ganoderma lucidum (curtis) p.karst (ölümsüzlük mantarı)'ın XPF gen ifadesinin üzerine etkisi
Yılmaz, İlkyaz
"Ölümsüzlük Mantarı" olarak da bilinen Ganoderma lucidum özütlerinin terapötik yararlarından dolayı üzerinde klinik araştırmalar yapılmaktadır ve geniş bir kullanıma sahiptir. Alkilleyici ajanlardan biri olan siklofosfamid kovalent bağlarla DNA'ya bağlanıp DNA'yı zedeleyerek çift zincir kırığına neden olmaktadır. Tamir edilmeyen çift zincir kırıkları hücre ölümüne neden olabilmektedir, bu nedenle tamiri önemlidir. Xpf (Xeroderma Pigmentosum F) geni, tamir mekanizmaları arasında bilinen en genel ve etkili gendir. Bu çalışmada civciv embriyolarında G. lucidum'un sulu özütlerinin siklofosfamidin neden olduğu DNA hasarının tamirinde görev aldığı düşünülen Xpf geninin ifadesinin üzerine etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda eşit ağırlıklarda, aynı ırk anaçlardan elde edilen, 12 grupta sınıflandılan, 76 adet döllü tavuk yumurtaları kullanılmıştır. Türkiye'deki wild grown G. lucidium'un 3 farklı dozdaki sulu özütü genotoksik etkisi bilinen siklofosfamid ile birlikte ve anti-genotoksik etkisi bilinen askorbik asit ile birlikte kuluçkanın 8. Gününde uygulanmıştır. Kuluçkanın 11. Günü civciv embriyolarından alınan karaciğer dokuları -80°'de RNA izole edilene kadar muhafaza edilmiştir. Elde edilen RNA'dan cDNA sentezlenip, Xpf geninin ifade düzeyi kantitatif olarak Real Time PCR ile belirlenmiştir. Kontrol grubu ve siklofosfamid grubu ile diğer gruplar arasındaki farkların belirlenmesi için t-testi ile analiz edilmiştir. Siklofosfamid uygulanan grup kontrole göre (p<0,05) anlamlı bir fark göstermiştir. G. lucidum özütü ile birlikte siklofosfamid uygulanması sonucu, genin ifadesinde anlamlı bir fark göstermemiştir (p>0,05). Mantar özütlerinin ikinci dozu (875 µg/y) tek başına tamir geninin ifadesini arttıran siklofosfamidi baskılayarak Xpf geninin ifadesini tetiklememiştir. Bu durum mantar ektraktının siklofosfomide karşı DNA'yı koruduğunu göstermekte ve genin tamir için uyarılmadığını düşündürmektedir.; Due to the therapeutic benefits of Ganoderma lucidum (Curtis) P. Karst, also known as "reishi mushroom" and have a wide use, clinical investigations have been carried out on it. Cyclophosphamide (CP), one of the alkaline agents, binds to DNA via covalent bonds and damages DNA, causing double chain breakage. Unrepaired double chain fractures can cause cell death, so repair is important. The Xpf (Xeroderma Pigmentosum F) gene is the most common and effective known among repair mechanisms. In this study, it was aimed to determine the effect of the aqueous extract of G. lucidum on the expression of the Xpf gene, which is thought to be related to the repair of DNA damage caused by cyclophosphamide in chick embryos. In this study, 76 fertilized hen's eggs, obtained from the same rootstock and classified in 12 groups were used. The aqueous extract of wild-grown G. lucidium from Turkey at three different doses was injected into eggs on day 8 of incubation together with CP as genotoxic agent. Also ascorbic acid (AsA) as anti-genotoxic agent was used. Liver tissues of chick embryos on day 11 of the incubation were stored at -80°C until RNA was isolated. cDNA was synthesized from the obtained RNA and expression level of Xpf gene was quantitatively determined by Real Time PCR. The data were analyzed by the t-test to determine the differences between the control group and CP group or the other groups. The CP group showed a significant difference (p<0.05) compared to the control group. The result of CP administration together with G. lucidum extract did not show a significant difference in gene expression (p>0.05). The mushroom extract (875 µg/y) did not induce the expression of the Xpf gene by suppressing CP. This suggests that mushroom extract protects DNA against CP and the gene is not stimulated for repair.
2017-01-01T00:00:00ZTranskripsiyon faktörü MEF2A gen mutasyonlarının Türk toplumundaki koroner arter hastalarında taranması
http://hdl.handle.net/123456789/10132
Transkripsiyon faktörü MEF2A gen mutasyonlarının Türk toplumundaki koroner arter hastalarında taranması
Ersöz, Nilay
Koroner arter hastalığı ve onun en önemli komplikasyonu olan miyokard infarktüsü tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de en önemli ölüm nedeni olarak gösterilmektedir. Koroner arter hastalığı, genetik ve çevresel faktörlerin birbirlerini etkilemesi sonucu oluşan multifaktöriyel bir hastalıktır. Koroner arter hastalığı ve en önemli komplikasyonu olan miyokard infarktüsüne sebep olduğu düşünülen ilk ve tek gen miyosite spesifik enhanser faktör 2 A (MEF2A) genidir. Bu gen, kasa spesifik gen olarak tanımlanan ve daha sonra koroner arter endotelinde de yüksek oranda ifade edildiği tespit edilen MEF2 gen ailesinin bir üyesidir. MEF2A geni, kasa spesifik ve büyüme faktörlerini teşvik eden genlerin kontrol bölgelerinde bulunan adenin ve timin nükleotitlerinden zengin hedef dizilere bağlanarak transkripsiyonu aktive eder. Bu çalışmada, koroner arter hastaları ve miyokard infarktüsü geçiren hasta bireyler ile kontrol bireylerinde, MEF2A gençokyapılılığının görülme sıklığını belirledik ve bu gençokyapılılıkların koroner arter hastalığı ve miyokard infarktüsü ile ilişkisini tespit ettik. Çalışma grupları Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Kardiyoloji Ana Bilim Dalı ve Konya Numune Hastanesi Kardiyoloji Bölümünün hastalarından seçildi. Çalışmaya yaşları birbiriyle uyumlu, koroner anjiografi yapılmış, koroner arterlerinde % 70 ve üzerinde darlık saptanıp KAH teşhisi konan ve Mİ geçirmiş 111 hasta ile koroner arterleri normal, ailesinde KAH olmayan, 32 sağlıklı birey olarak alındı. MEF2A geninin, 7. ve 11. ekzonunun nükleotid dizileri polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltıldı ve tek zincirli konformasyonal polimorfizmi (SSCP) ile tarandı. Farklı göç profili gösteren örnekler dizi analizine gönderildi. MEF2A geninde, bir missense (Pro279Ser), bir sessiz (Gly451Gly) ve sayıları 6 ile 11 arasında değişen glutamin (CAG) tekrarları bulundu. MEF2A geninin 7. ekzonuna ait Pro279Ser mutasyonu kontrol grubunda sadece 1 bireyde bulunmuştur. MEF2A geninin 7.ekzonunun koroner arter hastalığı ve miyokard infarktüsü ile ilgili anlamlı bir ilişkisi bulunamamıştır. MEF2A geninin 11.ekzonunda tespit edilen glutamin tekrarlarının da hastalık ile bir ilişkisi olmadığı, fakat G451G gen çokyapılılığının hastalık ile bir ilişkisi olduğu düşünülmektedir.; Coronary Artery disease and its most significant complication which is myocardial infarction; is remarkably shown the majeur reason of the daeths in all of the world and also in our country as well. Coronary artery disease is a multifactorial disease that occurs with the result of genetic and environmental factor's interaction. The first and sole gene which is myocyte specific enhancer factor (MEF2A) gene is also commonly thought that the reason of coronary artery disease and the most important complication of its which is myocardial infarction. This gene defines to the muscle as specific gene and then is the member of MEF2 gene family which is expressed in the coronary artery endothelium with the high ratio by the fixations. MEF2A gene makes active the transcription by binding from the adenine and thimine nucleotits that are founded in the control areas of the genes that urge the specific and growth factors to the muscle, towards the rich target sequences. In this study we determined the frequence of MEF2A intensiveness appearing's on coronary artery and myocardial infarction sufferer's and control individuals besides of this we also fix thatt he relation between these young intensiveness with coronary artery and myocard infarct. Studying groups was chosen from Selçuk University Meram Medicine Faculty Department of Cardiology and Konya Numune Hospital Department of Cardiology's patients. In the human activity; 111 sick persons that their ages are close to each other and compatible in terms of our criterias with their complete coronary angiographi and also whose coronary artery's are narrow more than %70 and KAH has been identifed, Mİ experienced 111 persons was considered and analyised with 32 sick persons that their coronary artery's normal, not included KAH in their family. Nucleotit sequeces of 7. and 11. exon of the MEF2A gene was multiplied with polymerase chain reaction and scanned with single strand conformational polymorphsm (SSCP). The examples which are including different migration profiles sent to the sequence analyise. In the MEF2A Gene, 1 missense (Pro279Ser),1 silent (Gly451Gly) and Glutamin (CAG)repetitions was found whose numbers change between 6 and 11. Pro 279Ser Mutation that belongs to 7. exon of MEF2A gene was fix just one individual of the control groups. According to the fixation; there couldn't be found any relation between 7. exon of the MEF2A gene, coronary artery and myocardium infarct. According to the results; These are thought that, Glutamin repetitions which are fixed in the 11. exon of MEF2A have no relations with the disease, but G451G young intensiveness has relations with the disease.
2008-01-01T00:00:00ZKonya populasyonunda insan leptin reseptor genindeki Gln223Arg polimorfizmi ile osahs arasindaki ıliski analizi
http://hdl.handle.net/123456789/8071
Konya populasyonunda insan leptin reseptor genindeki Gln223Arg polimorfizmi ile osahs arasindaki ıliski analizi
Küççüktürk, Serkan
Obstrüktif apne/hipoapne sendromu obez bireylerde yaygın görülen çok odaklı bir hastalıktır. Obezite ve OSAHS çoklu patofizyolojik mekanizmaları paylaşmaktadır. Leptin hormonu yağ hücrelerinde üretilen ve metabolik kontrolde önemli rolü olan bir sinyal faktörüdür. Leptin iştah ve enerji harcanmasının düzenlenmesinden sorumludur. Leptinin spesifik reseptörü olan LEPR genellikle hipotalamusta işlevseldir. Bu çalışmanın amacı OSAHS ile LEPR genindeki Q223R polimorfizmi arasındaki ilişkiyi açıklamaktır. Çalışmaya Konya popülasyonundan cinsiyeti erkek 88 hasta ve 32 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu dahil edilmiştir. Bütün hasta ve kontrol bireylerine polisomnografi testi uygulanmıştır. Q223R polimorfizminin obeziteye etkisini görebilmek için Obez/Hasta ve Zayıf/Hasta alt grupları oluşturulmuştur. Gruplar, genotip dağılımı; yaş, BMI (Body Mass İndex), boyun ve bel çevresi, AHI (Apne Hipoapne İndeksi), Total Kolesterol, Trigliserit, HDL (High-density lipoprotein), LDL (Low-density lipoprotein), Kan basıncı (Sistolik ve Diastolik), SpO2 (Oksijen saturasyonu) ve Epwort Uykululuk skalası değişkenleri ile karşılaştırılmıştır. Q223R polimorfizminin genotip dağılımını belirlemek için PZR-RFLP moleküler tanı yöntemi ve MspI restriksiyon enzimi kullanılmıştır. Hasta ve Kontrol bireylerinin arasında yaş, BMI ve PSG karakteristikleri bakımından anlamlı bir farklılık vardı; ancak Hem gruplar hem de genotip dağılımları ve allel sıklıkları arasında lipid paneli ile kan basıncına göre anlamlı bir farklılık bulamadık. Obez/Hasta ve Zayıf/Hasta grupları arasında BMI (P<0,001), AHI (P=0,001), boyun çevresi (P<0,001), bel çevresi (P<0,001), sistolik (P<0,001) ve diastolik (P=0,018) ve SpO2 (P<0,001) arasında anlamlı bir fark vardı. Anlamlı çıkan değişkenlere göre genotip dağılımları ve allel sıklıkları arasında bir etkileşim belirlenmedi. Sadece dominant modelde (QQ-QR/RR) anlamlı bir fark vardı (P=0,01). Zayıf/Hasta ve Kontrol grupları benzer açılardan değerlendirildi. Anlamlı bir farklılık bulunmadı. Sonuç olarak Q223R polimorfizmi ile OSAHS arasında bir ilişki saptanmadı. Leptin reseptöründe belirlenmiş diğer polimorfizmlerin moleküler tarama yöntemleri kullanılarak yeteri kadar veri bulunmayan Türk popülasyonunda leptin reseptörünün OSAHS gelişimine etkisinin araştırılması uygun olacaktır.; Obstructive Sleep Apnea/Hypoapnea Syndrome is a multifactorial disease widely seen in obese individuals. Obesity and OSAHS have shared multi physiopathological mechanisms. Leptin hormone is a adipocyte-derived signaling factor that has an important role in metabolic control. Leptin is responsible for energy expenditure and reduction of food intake and Leptin?s specific receptor (LEPR) is generally functional in hypothalamus. The aim of this study was to investigate the relation between OSAHS and Q223R polymorphisms in LEPR. Our study was included 88 patients and 32 healthy control individuals who were all male, from Konya populations. Diagnostic polysomnography was performed in all patients and control individuals.To see the effect on obesity of Q223R polymorphism was constituted into two subgroups of Weak/Patiens and Obese/Patients. The results between both groups and distributions of genotyping were compared with data of ages, BMI (Body Mass Index), neck and waist circumference, AHI (Apnea Hypoapnea Index), total cholesterol, triglyceride, HDL (High-density lipoprotein), LDL (Low-density lipoprotein), blood pressure, SpO2 (saturation of oxygen) and Epworth Sleepiness Scale. The distribution of genotyping of Q223R polymorphism was determined with the method PCR-RFLP of a molecular diagnostic and MspI restriction enzyme was used. There were statistically significant difference between patients with OSAHS and control individulas in terms of age, BMI, PSG characteristics. Between both groups and distributions of genotyping we could not find statistically significant difference in terms of blood pressure and blood lipids. There were statistically significance differences between subgroups of Weak/Patients and Obese/Patients in term of BMI, AHI, neck and waist circumference, systolic and diastolic blood pressure and SpO2. According to significant results of variables, any interaction was not determined between distributions of genotyping and allel frequencies. There was statistically significant difference only in dominant model. Weak/patients and control groups were also evaluated in the same criterias; it was not found any statistically significant difference. Consequently, it was not determined any relation between Q223R polymorphism and OSAHS. By using molecular research methods of other polymorphisms in Leptin receptor, it is necessary to search the effect of Leptin receptor on OSAHS in Turkish population that there has not enough data. It needs to widespread studies for determination of genetic basic on multifactorial patients like OSAHS.
2009-01-01T00:00:00ZPsoriasis vulgarisli hastalarda sitotoksik T lenfosit antijen-4 gen polimorfizmlerinin araştırılması
http://hdl.handle.net/123456789/5647
Psoriasis vulgarisli hastalarda sitotoksik T lenfosit antijen-4 gen polimorfizmlerinin araştırılması
Yılmaz, Hüseyin Osman
vulgaris, etyopatogenezinde travma, ilaç, enfeksiyon ve stres gibi tetikleyici faktörlerin rol oynadığı yaygın kronik enflamatuar bir deri hastalığıdır. Günümüzde artık ailesel vakaların giderek artması ve monozigot ikizlerde yüksek konkordans oranı sebebiyle Psoriazisde genetik yatkınlığın da önemli bir etken olduğu kabul görmektedir. Hastalığın gelişimine yol açabilen 19 ayrı genetik lokus tespit edilmiştir. Bu lokusların bazıları inflamasyon ve immünite ile ilişkili olup, birçok inflamatuvar hastalığın şiddetinde rol oynarken, diğerleri ise sadece Psoriazise özgüdür. Bunlardan biri de CTLA-4 molekülünü kodlayan gendir. Bu genin polimorfizmlerinin Psoriazis etyogenezinde rol oynayabileceği çeşitli çalışmalarda gösterilmiştir. Bu çalışmada CTLA-4 geninin promoter, ekzon-1 ve ekzon-4 bölgesinde yer alan 3 polimorfizm (-318C>T, +49A>G ve CT60A>G) ile psoriazis vulgaris arasındaki ilişkinin ortaya konması amaçlanmıştır. Çalışma Başkent Üniversitesi Konya Uygulama ve Araştırma Hastanesi Dermatoloji Polikliniğinde Psoriazis vulgaris tanısı almış birbiriyle akraba olmayan 103 hasta ve yine birbiriyle akraba olmayan, Psoriazis tanısı almamış, bilinen herhangi bir otoimmün veya sistemik hastalığı bulunmayan 102 sağlıklı birey ile gerçekleştirilmiştir. CTLA-4 gen polimorfizmlerinin tespitine yönelik genotipleme çalışmaları PZR amplifikasyonunu izleyen restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile hasta ve kontrol olgularının periferik kanlarından izole edilen DNA örnekleri üzerinden gerçekleştirilmiştir. Yapılan analizlerde -318C>T polimorfizmi hastalar ve kontroller arasında önemli bir fark saptanmamıştır ( p=0,078) Ancak +49A>G ve CT60A>G polimorfizmleri için G alleli artmış Psoriazis vulgaris riski ile güçlü bir ilişki göstermiştir (+49A>G için p=0,02;OR=1,69; 95%CI=1,083-2,667 ve CT60A>G için p=0,004; OR=1,77; 95%CI=1,99-2,626). CTLA-4 gen polimorfizmlerinin hastalığın şiddeti ve başlama yaşı üzerine olan etkilerini tespit etmek için genotip dağılımları hem şiddetli grup (PASI?12) ile hafif grup (PASI<12) arasında, hem de geç yaş grubu (birey yaşı ?40) ile erken yaş grubu (birey yaşı <40) arasında karşılaştırıldı. Hastalığın şiddeti ve genotip arasında önemli bir ilişki saptanmadı (-318C>T için p=0,681, +49A>G için p=0,545 ve CT60A>G için p=0,197). Yine hastalığın başlangıç yaşı ile genotipler arasında yapılan karşılaştırma da polimorfizmin hastalığın başlangıç yaşı üzerinde etkili olmadığını göstermedi (-318C>T için =0,701, +49A>G için p=0,725 ve CT60A>G için p=0,080). Sonuç olarak, çalışmada CTLA-4 geninin +49A>G ve CT60A>G polimorfizmlerinin Psoriazis vulgarisle ilişkili olduğu bulunurken, -318C>T polimorfizminin hastalık ile ilişki göstermediği saptandı. Anahtar sözcükler: Psoriazis Vulgaris, CTLA-4 geni, polimorfizm, RFLP, PASI; Psoriasis vulgaris is a common chronic inflammatory skin disorder in which the trigger factors such as trawma, medications, infectious and stres play crucial accepted that psoriasis has a genetic component as supported by frequent familial clustering and high concordance rates in monozigotic twins. There are 19 genetic loci that may contributed to the development of the disease. Same of these loci are associated with inflammation and immuuity and effects the severity of many inflammatory diseases, while others are spesific to only psoriasis. One of these is CTLA-4 molecule coding-gene. It have shown that polymorphims of these genes way play role in ethiopathogenesis of psoriasis in several studies. In our study, we aimed to determine the association between three CTLA-4 gene polymorphisms (-318C>T, +49A>G, CT60A>G) and psoriasis vulgaris. The study was conducted on 103 unrelated patients with psoriasis recruited from Dermatology Clinic Başkent University Konya Hospital and on 102 unrelated, healthy subject without psoriasis, a known otoimmün or systemic disease. The genotuping for CTLA-4 gene polymorphisms was done by PCR emplification followed by restriction fragment length polymorphism(RFLP) method in DNA samples isolated from peripheric bloods of patieats and controls. Distributions of allele and genotype frequencies of -318 C>T polymorphism showed no significant differences between Psoriasis vulgaris patients and controls ( p=0,078 ). However the G alleles of SNP +49A>G and CT60A>G were potentially associated with an increased risk of Psoriasis vulgaris (p=0,02;OR=1,69; 95%CI=1,083-2,667 for +49A>G and p=0,004; OR=1,77; 95%CI=1,99-2,626 for CT60A>G) To detect effects of CTLA-4 gene polymorphisms on severity and one set age of disease, distribution of genotypes was compaired between severe group (PASI?12) and not severe group (PASI<12) early onset age group (<40 age) and late onset age group(?40 age). No significant association was found between severity of disease and genotype (p=0,618 for -318C>T, p=0,545 for +49A>G and p=0,197 for CT60A>G).The comparison between onset age of disease and genotype, showed that genotype has not effect on oneset age of psoriasis (p=0,701 for -318C>T, p=0,725 for +49A>G and p=0,080 for CT60A>G). As a result, in this study we fouud that CTLA-4 gene +49A>G and CT60A>G polimorphisms are associated with Psoriasis vulgaris, while -318C>T polymorphism is not associated with Psoriasis vulgaris in Turkish population. Key words: Psoriasis vulgaris, CTLA-4 gene, polymorphism, RFLP, PASI.
2013-01-01T00:00:00Z