FBE, Doktora, Biyoloji Koleksiyonu
http://hdl.handle.net/123456789/117
Biyoloji Anabilim Dalı'nda yapılan doktora tezleri bu koleksiyon altında listelenir.2024-03-28T16:28:50ZTürkiye Haplophyllum A. Juss. ve Ruta L. cinslerinin (Rutaceae) taksonomik, morfolojik, anatomik ve moleküler revizyonu
http://hdl.handle.net/123456789/14320
Türkiye Haplophyllum A. Juss. ve Ruta L. cinslerinin (Rutaceae) taksonomik, morfolojik, anatomik ve moleküler revizyonu
Ulukuş, Deniz
Bu çalışmada Türkiye'de doğal olarak yayılış gösteren Haplophyllum A.Juss. ve Ruta L. cinslerinin morfolojik, palinolojik, anatomik ve moleküler çalışmaları yapılarak taksonlar arasındaki benzerlik ve farklılıklar ortaya çıkarılmıştır. Taksonomik çalışmalar kapsamında Haplophyllum ve Ruta cinsleri taksonlarının tür tayin anahtarları verilmiştir. Araştırılan taksonların polen yüzey ornamentasyonu ve şekil özellikleri SEM ve ışık mikroskobunda incelenmiştir. Taksonların polen şekilleri suboblat, oblat-sferoidal, prolat-sferoidal ve sub-prolat olup apertür tipi trikolporat ve trizonokolporattır. Polen yüzey ornamentasyonu sitriat, sitriat-perforat, sitriat-mikroretikulat, rugulat ve rugulat-perforat olarak tespit edilmiştir. Anatomik çalışmalar için gövde ve yapraklardan enine kesitler alınmıştır. Gövde anatomik yapısı bazı türlerin ayrımında önemli olduğu ortaya çıkmıştır. Moleküler çalışmalar kapsamında, Türkiye Haplophyllum ve Ruta cinslerinin yanında Rutaceae familyası ile ilişkili diğer cinsler ve dış grup Spathelia cinsleri kullanılmış ve elde edilen bulgular değerlendirilerek grupların filogenetik ilişkileri ortaya çıkarılmıştır. Aynı türün farklı populasyonları arasındaki varyasyon ve filogenetik ilişkileri ortaya çıkarmak amacıyla Kloroplast DNA'sında yer alan matK, rpl16 ve trnL-F bölgelerinin sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Moleküler çalışmalarda DNA'nın izolasyonu için QIAGEN DNA kiti kullanılmıştır. Moleküler analizler için PAUP ve MrBayes software programları kullanılmıştır. Yapılan arazi ve herbaryum çalışmalarıyla türlerin korolojileri belirlenmiş, Türkiye dağılımı harita üzerinde gösterilmiştir. Türkiye Florası'nda Haplophyllum suaveolens var. cilicicum olan taksonun statü değişikliği yapılarak tür seviyesine çıkarılmış ve H. cilicicum olarak adlandırılmıştır. Ayrıca Haplophyllum suaveolens var. glabrum taksonuda H. hatayensis olarak tür seviyesine çıkarılmıştır. Türkiye Florası'nda sinonim olan Haplophyllum bourgaei ve H. villosulum taksonları canlandırılmıştır. Bunların dışında Haplophyllum ermenekensis Ulukus & Tugay ve Haplophyllum megalanthum Bornm. subsp. manisaensis Ulukus & Tugay yeni taksonlar olarak bilim dünyasına kazandırılmıştır. Yapılan revizyon çalışması sonucunda, Haplophyllum cinsi, şu anda 20 taksonla temsil edilmekte olup bu taksonların 11 tanesi endemik ve endemizm oranı % 55'tir. Ülkemizde Ruta cinsi ise R. montana ve R. chalepensis olmak üzere 2 taksonla temsil edilmektedir.; In this study, taxonomic and systematics studies among Haplophyllum A.Juss. and Ruta L. taxa which are naturally occur in Turkey were done based on morphological, palynological, anatomical and molecular studies. In this regard, a new identification key for the studied taxa was given. Pollen size and surface sculpturing pattern were studied with using Scanning Electron Microscopy (SEM) and Light Microscopes (LM). Pollen shapes of the taxa were found as suboblate, oblate- spheroidal, prolate- spheroidal and sub-prolate and, their aperture types are tricolporate and trizonolcolporate. Pollen surface sculpturing patterns were determined as striate, striate-perforate, striate-microreticulate, rugulate and rugulate-perforate. For anatomic studies, cross sections from stem and leaves were taken. Stem anatomy was provided some diagnostic features for distinguishing some species. Within the scope of the molecular researches, all Haplophyllum and Ruta species from Turkey and additional taxa from the other genera in the Rutaceae family and Spathelia species were used as out group to construct phylogenetic tree and to show taxonomic relationships among the taxa. On the purpose of morphological variations and phylogenetic relationships among different populations of the same species, sequence analysis of the chloroplast regions, i.e. matK, rpl16 and trnL-F were used. QIAGEN DNA extraction kit was used for DNA isolation in molecular studies. For constructing phylogenetic tree, PAUP and MrBayes softwares were utilized. Chorologies of the species were determined based on the field and herbarium studies, and their distribution maps were given. In this study, Haplophyllum suaveolens var. cilicicum and Haplophyllum suaveolens var. glabrum which were treated as a variety level in the Flora of Turkey have been raised and treated as a species level, as H. cilicicum and H. hatayensis, respectively. Haplophyllum bourgaei and H. villosulum, which were treated as synonymous in Flora of Turkey, have been resurrected. In addition, Haplophyllum ermenekensis Ulukus & Tugay and Haplophyllum megalanthum Bornm. subsp. manisaensis Ulukus & Tugay have been described as new taxa in this study. In consequence of this revision, the genus Haplophyllum is represented with 20 taxa in Turkey, 11 of which are endemic and their endemism ratio is 55 %. As for the genus Ruta, it is represented with 2 taxa as R.. montana and R.. chalepensis in Turkey.
2015-12-04T00:00:00ZÇorum ili makrofungusları
http://hdl.handle.net/123456789/12452
Çorum ili makrofungusları
Alkan, Sinan
Bu çalışma, 2011-2015 yılları arasında Çorum İli'nin farklı lokalitelerinden toplanan yenen, yenmez ve zehirli makromantarların taksonomisi konusunda yapılmıştır. Özellikle sonbahar ve ilkbahar aylarında arazi çalışmalarında toplanan bütün örneklerin fotoğrafları doğal ortamlarında çekilmiş, ekolojik, morfolojik özellikleri ve yöre halkının tür hakkındaki bilgileri kaydedilmiştir. Arazi ve laboratuvar çalışmaları sonucu, toplam iki bölüm içerisinde, yedi sınıf, 19 takım, 64 familyaya ait 308 takson tespit edilmiştir. Bunlardan 38'i Ascomycota, 270'i ise Basidiomycota bölümüne aittir. Türkiye makromantar listesine göre 14 türün Türkiye için yeni kayıt olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmanın sonucunda belirlenen türlerin açıklamaları için etiket hazırlanmıştır. Çalışmada toplanan örnekler Selçuk Üniversitesi Mantarcılık Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü Fungaryumu'nda saklanmaktadır.; Between the years 2011-2015, this study were performed to discovery of three types of taxonomy of fungus: edible, inedible and poisonous ones all of which were colleted different localites from the Çorum province. Particularly during the months of autumn and spring, all photos of these species found through discoveries were taken authentically, and ecological and morphological data including reports from locals with respect to the species have been recorded. In consequence of on-site discoveries and laboratory tests, we have identified 308 taxa belonging to 64 family in 19 ordo in 7 class in 2 divisio. The 38 out of these species are from the divisio of Ascomycota, and the 270 of them belong to the divisio of Basidiomycota. According to the Turkey macrofungi list, 14 taxa were identified as a new records for Turkey. The label for descriptions of all these fungi species identified in consequence of this study has been prepared. All specimen collected during fieldwork were stored in Fungarium of the Directorate of Mushroom Application and Research Centre of Selçuk University.
2015-08-13T00:00:00ZPsephellus aucherianus (DC.) boiss. (asteraceae) kompleksine ait tür populasyonlarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi
http://hdl.handle.net/123456789/12400
Psephellus aucherianus (DC.) boiss. (asteraceae) kompleksine ait tür populasyonlarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Bozkurt, Meryem
Bu tez çalışmasıyla Psephellus aucherianus ve yakın akraba olduğu düşünülen Ps. sintenisii ve Ps. yusufeliensis taksonları morfolojik, mikromorfolojik, karyolojik ve moleküler metotlar ile incelenmiş taksonların karakterizasyonu yapılarak, akrabalık ilişkileri ve populasyonların genetik yapıları detaylı bir biçimde ele alınmıştır. Taksonomik olarak yakın akraba takson veya grupların her ne kadar sınırlarını belirlemek kolay olmasada elde edilen veriler doğrultusunda Ps. sintenisii'nin Ps. aucherianus orjinli olduğu ve genetik sürüklenmenin etkisiyle serpantine adapte olarak hem genetik hem de taksonomik açıdan önemli derecede farklılaştığı belirlenmiştir. Uygulanan moleküler markırlar Ps. aucherianus ve Ps. yusufeliensis taksonlarının aynı soydan türemiş yakın akraba taksonlar olduğuna işaret etmiş, karyolojik ve moleküler verilerin yanısıra küçük morfolojik farklılıklara dayalı olarak taksonlar karakterize edilmiştir. SEM analizlerinden gelen aken mikromorfolojisi verilerine göre en farklılaşmış takson olarak Ps. sintenisii gözükmektedir. Karyolojik veriler yakın akraba taksonların oldukça benzer karyomorfolojik özelliklere sahip olduğunu bildirmektedir. Karyotip formülleri türlere özgün olup taksonomik ayrım yapmaya imkân vermektedir. Buna göre türler diploid kromozom sayısına sahip olup (2n=30), cinse ait özgün temel kromozom sayısını (x=15) içermektedir. Moleküler veriler temel olarak ele alınan üç taksonun ortak bir orjinden kaynaklandığını ve belli gen bölgeleri açısından farklılaşmış olduklarına işaret etmekte, belirli bariyerlerin etkisi altında hızla farklılaşarak evrilmeye devam ettiklerini göstermektedir. Bununla birlikte AFLP ve matK'dan gelen bilgiler populasyon bazında genetik varyasyon seviyelerinin düşük olmasının taksonların geleceğine yönelik bir riskin varlığına dikkat çekmektedir. Buna bağlı olarak, Ps. aucherianus'a ait üç, Ps. yusufeliensis'e iki ve tek tip lokaliteden bilinen Ps. sintenisii'ye ait populasyonlar üzerinde yapılan moleküler analizler her bir populasyon arası genetik farklılaşmanın yüksek olduğunu açığa çıkarmıştır. Sonuç olarak nadir endemik türler için genel olarak öngürüldüğü gibi ele alınan taksonların genetik çeşitlilik seviyelerinin düşük olması sebebiyle, insan etkisiyle olmasa bile doğal etkiler nedeniyle nesli tükenme riski ile karşı karşıya oldukları belirlenmiştir. Oldukça izole yayılış gösteren Ps. aucherianus, Ps. sintenisii ve Ps. yusufeliensis taksonlarının nispeten düşük tohum ve polen yayma kapasiteleri, kendileşmeye uygun üreme davranışları ve genetik süreklenmenin neden olduğu gen havuzundaki fakirleşmeler (genetik yapı ve populasyonların ileri seviyede farklılaşması) sonucunda lokal bir nesli tükenme tehditi ile karşı karşıya oldukları ortaya çıkarılmıştır. Populasyon gözlemlerimiz ve moleküler analizlerimizden ortaya çıkan değerlendirmelere göre Uluslararası IUCN kriteleri dikkate alındığında Ps. sintenisii ve Ps. yusufeliensis CR (Critically Endangered/ Kritik Tehlikede), Ps. aucherianus ise EN (Endangered/ Tehlikede) olarak değerlendirilmiştir.; In this thesis, the relationship between Psephellus sintenisii and Ps. yusufeliensis, which are assumed to be closely related to Ps. aucherianus taxa, and genetic structures of their populations have been investigated in detail by characterizing taxa morphologically, micromorphologically, karyologically and molecular methods. Although it is not easy to detect the limits of closely related taxa or groups taxonomically, it is found out that Ps. sintenisii is originated from Ps. aucherianus, and with the effect of genetic drift it is differed from Ps. aucherianus significantly by adapting serpentine both genetically and taxonomically, using obtained data. Applied molecular markers have shown that Ps. aucherianus, and Ps. yusufeliensis taxa are closely related and have originated from the same ancestry. In addition to karyologic and molecular data, taxa have been characterized based on the minor morphological differences. According to the achene micromorphology data obtained from SEM analyses, it is found that Ps. sintenisii is the most differentiated taxon. Karyologic data show that closely related taxa have highly similar karyomorphologic properties. Karyotype formulas are specific for the species, and they give oppurtunity to separate species taxonomically. According to this, the species have diploid chromosomes (2n=30), and have the specific basic chromosome number (x=15) for the genus. Molecular data show that three taxa come from the same origin and differentiate in certain gene regions, and they continue to evolve rapidly under the effect of certain barriers. Besides, data obtained using AFLP and matK point out that there is a risk about the future of taxa because of low genetic variation level on population basis. According to the molecular analyses made using three populations of Ps. aucherianus, two populations of Ps. yusufeliensis, and one population of Ps. sintenisii reveal that there is a high genetic differentiation between each population. In conclusion, as generally predicted for rare endemic species, low genetical variation levels of the taxa under investigation, Ps. aucherianus, Ps. sintenisii, and Ps. yusufeliensis taxa are under the risk of extinction, not because of human effect, but because of natural reasons. As a result of relatively low seed and polen spreading capacity of Ps. aucherianus, Ps. sintenisii, and Ps. yusufeliensis taxa, production behavior appropriate for inbreeding, and impoverishment caused by genetic drift in the gene pool (differentiation of genetic structures and populations in advanced level), it is understood that these taxa, which spread isolatedly are under the local risk of extinction. According to the evaluation resulted from population observations and molecular analyses, when international IUCN criteria are taken into consideration, Ps. sintenisii, Ps. yusufeliensis should be categorized as CR (Critically Endangered). Ps. aucherianus are considered as EN (Endangered), respectively.
2015-08-07T00:00:00ZTürkiye'de yayılış gösteren Glycyrrhiza L. (Meyan) cinsinin revizyonu
http://hdl.handle.net/123456789/10592
Türkiye'de yayılış gösteren Glycyrrhiza L. (Meyan) cinsinin revizyonu
Çetin, Özlem
Bu çalışmada, ülkemizde doğal olarak yayılış gösteren Glycyrrhiza L. (Fabaceae) cinsi taksonları morfolojik, sitotaksonomik, palinolojik, moleküler ve nümerik çalışmalara dayalı veriler kullanılarak revizyonu gerçekleştirildi. Tüm taksonların daha kullanışlı teşhis anahtarları ve kapsamlı betimleri yapıldı. Ayrıca habitat özellikleri, yayılış haritaları ve fotoğrafları verildi. Hayat formu ve IUCN kategorileri değerlendirildi. Glycyrrhiza taksonlarının kromozom sayıları belirlendi. G. asymetrica türünün somatik kromozom sayısı 2n=14, Glycyrrhiza glabra, G. echinata subsp. echinata, G. echinata subsp. macedonica, G. flavescens subsp. flavescens, G. flavescens subsp. antalyensis, G. asymmetrica taksonlarının somatik kromozom sayısı ise 2n=16'dır. Görüntü Analiz Sistemi (Bs200ProP) aracılığı ile karyotip analizleri yapıldı. Tohum yüzey ornemantasyonu taramalı elektron mikroskobu ile incelendi. Ayrıca polenler ışık ve elektron mikroskobu ile incelendi. Farklı lokalitelerden toplanan örneklerinden DNA izolasyonları yapıldı. ISSR verileri, ITS ve trnL-F bölgelerine ait sekans dizileri kullanılarak filogenetik analizleri yapıldı ve dendrogramları oluşturuldu. Glycyrrhiza cinsinin nümerik sınıflandırılmasında ise morfolojik çalışmalardan sağlanan veriler NTSYS programında analiz edilerek fenogramları oluşturuldu. Morfolojik, mikromorfolojik ve moleküler çalışmalardan sağlanan veriler Glycyrrhiza cinsinin üç alt cins (subgen. Glycyrrhiza, subgen. Liquiritia, subgen. nov. Glycyrrhizopsis) olarak ayrılmasını destekledi. Glycyrrhiza echinata subsp. macedonica taksonu Türkiye Florası için yeni kayıt olarak eklendi. Glycyrrhiza iconica hibrit bir bitki olarak tespit edildi. Beta amyrin-11 oxidase geninin intron ve ekzon bölgelerini belirlemek için Glycyrrhiza glabra ve Glycyrrhiza echinata subsp. echinata türleri kullanıldı. RNA izolasyonları yapıldıktan sonra cDNA sentezlendi. cDNA ve genomik DNA örnekleri Beta amyrin oxidase geni için sentezlenmiş primerler ile çoğaltıldı ve sekans analizi yapıldı. Yine Glycyrrhiza taksonlarında türler arasındaki polimorfizmi belirlemek amacıyla da intron ve ekzon karışımı bir bölge seçilerek PCR çalışmaları yapılmıştır. Bu bölge değerlendirilerek filogenetik bir ağaç oluşturulmuştur. Beta amyrin oxidase gen dizisi ile oluşturulan filogenetik ağaç ISSR, ITS ve trnL-F verileri ile oluşturulan ağaçlar ile korelasyon göstermektedir.; In this study, a revision of Glycyrrhiza L. (Fabaceae) taxa naturally distributed in Turkey was conducted with respect to morphology, sitotaxonomy, pollenology, molecular biology and numerical taxonomy. More practical diagnosis keys and comprehensive descriptions were also accomplished along with habitat properties, distribution maps and photographs. Life forms and IUCN categories were reviewed and revised. The number of chromosomes of Glycyrrhiza L. species was determined as G. asymetrica had 2n = 14 while the , Glycyrrhiza glabra, G. echinata subsp. echinata, G. echinata subsp. macedonica, G. flavescens subsp. flavescens, G. flavescens subsp. antalyensis, G. asymmetrica displayed 2n = 16. Karyotype and idiogram analyses were conducted through Image Analysis System (Bs200Pro). Seed surface ornamentations and pollens were investigated via electron microscope while the pollens were also studied under light microscope. ISSR results and ITS and trnL-F sequences of the taxa were used to construct phylogenetic trees. For numerical taxonomy, morphological features were scored and converted to phenograms using NTSYS program. The data obtained from morphology, micromorphology and molecular analyses suggested Glycyrrhiza organize in three sub genera as subgen. Glycyrrhiza, subgen. Liquiritia, subgen. nov. Glycyrrhizopsis. Glycyrrhiza echinata subsp. macedonica was added new record for flora of Turkey. Glycyrrhiza iconica was determined as a hybrid plant. Glycyrrhiza glabra and Glycyrrhiza echinata were used to determine the intron size of Beta-amyrin-11 oxydase. For this, cDNA synthesis following total RNA isolation were conducted. Beta amyrin-11 oxydase fragments from genomic DNA and cDNA samples were amplified via nested primers desinged for this purpose. The amplified fragments were sequenced using the same primers used for amplification. To determine the polymorphism of beta amynrin oxydase among Glycrrhiza species, a region of the gene including introns and exons was amplified from all the species and sequenced. The sequences were utilized to construct a phylogenetic tree which were in accordance with the trees generated using ISSR and ITS data.
2015-03-23T00:00:00Z